Transcription Factor Classification
All levels; last modified 2002-10-01
1 Superclass: Basic Domains
1.1 Class: Leucine zipper factors (bZIP).
1.1.1 Family: AP-1(-like) components
1.1.1.1 Subfamily: Jun
1.1.1.1.1 XBP-1
1.1.1.1.2 v-Jun
1.1.1.1.3 c-Jun
1.1.1.1.4 JunB
1.1.1.1.5 JunD
1.1.1.1.6 dJRA
1.1.1.2 Subfamily: Fos
1.1.1.2.1 v-Fos
1.1.1.2.2 c-Fos
1.1.1.2.3 FosB
1.1.1.2.3.1 FosB1
1.1.1.2.3.2 FosB2
1.1.1.2.4 Fra-1
1.1.1.2.6 dFRA
1.1.1.2.7 LRF-1
1.1.1.3 Subfamily: Maf
1.1.1.3.1 v-Maf
1.1.1.3.2 c-Maf
1.1.1.3.3 MafB
1.1.1.3.4 MafK
1.1.1.3.5 MafF
1.1.1.3.6 MafG
1.1.1.3.7 NRL
1.1.1.3.8 kreisler
1.1.1.4 Subfamily: NF-E2
1.1.1.4.1 NF-E2 p45
1.1.1.4.1.1 aNF-E2
1.1.1.4.1.2 fNF-E2
1.1.1.4.2 Nrf1
1.1.1.4.2.1 Nrf1 long form
1.1.1.4.2.2 Nrf1 short form
1.1.1.4.3 Nrf2
1.1.1.4.4 ECH
1.1.1.4.5 Cnc
1.1.1.5 Subfamily: fungal AP-1-like factors
1.1.1.5.1 GCN4
1.1.1.5.2 CPC1
1.1.1.5.3 yAP-1
1.1.1.5.4 yAP-2
1.1.1.5.5 Pap1+
1.1.1.6 Subfamily: CRE-BP/ATF
1.1.1.6.1 CREB-2
1.1.1.6.2 ATF-3
1.1.1.6.2.1 ATF-3
1.1.1.6.2.2 ATF-3DeltaZip
1.1.1.6.3 CRE-BP
1.1.1.6.3.1 CRE-BP1
1.1.1.6.3.2 CRE-BP2
1.1.1.6.3.3 CRE-BP3
1.1.1.6.4 CRE-BPa
1.1.1.6.5 ATF-a
1.1.1.6.5.1 ATF-a
1.1.1.6.5.2 ATF-aDelta
1.1.1.6.6 yATF
1.1.1.0 Subfamily: Others
1.1.1.0.1 Zta
1.1.1.0.2 CYS3
1.1.2 Family: CREB
1.1.2.0.1 CREB
1.1.2.0.1.1 CREB-341
1.1.2.0.1.2 CREB-327
1.1.2.0.1.3 CREBbeta
1.1.2.0.2 ATF-1
1.1.2.0.3 CREM
1.1.2.0.3.1 CREMalpha
1.1.2.0.3.2 CREMbeta
1.1.2.0.3.3 CREMgamma
1.1.2.0.3.4 CREMepsilon
1.1.2.0.3.5 CREMtau
1.1.2.0.3.6 CREMtaualpha
1.1.2.0.3.7 CREMtau1
1.1.2.0.3.8 CREMtau2
1.1.2.0.3.9 CREMdeltaC-F
1.1.2.0.3.10 CREMdeltaC-G
1.1.2.0.3.11 S-CREM
1.1.2.0.3.12 ICER-I
1.1.2.0.3.13 ICER-Igamma
1.1.2.0.3.14 ICER-II
1.1.2.0.3.15 ICER-IIgamma
1.1.2.0.4 BBF-2
1.1.2.0.5 dCREB2
1.1.2.0.5.1 dCREB2-a
1.1.2.0.5.2 dCREB2-b
1.1.2.0.5.3 dCREB2-c
1.1.2.0.5.4 dCREB2-d
1.1.2.0.5.5 dCREB2-q
1.1.2.0.5.6 dCREB2-r
1.1.2.0.5.7 dCREB2-s
1.1.2.0.6 SKO1
1.1.2.0.7 HAC1
1.1.2.0.8 Pcr1
1.1.3 Family: C/EBP-like factors
1.1.3.0.1 C/EBPalpha
1.1.3.0.1.1 C/EBPalpha
1.1.3.0.1.2 p30C/EBPalpha
1.1.3.0.1.3 p20C/EBPalpha
1.1.3.0.2 C/EBPbeta
1.1.3.0.2.1 C/EBPbeta
1.1.3.0.2.2 p34C/EBPbeta
1.1.3.0.2.3 LIP
1.1.3.0.2.4 p20C/EBPbeta
1.1.3.0.3 C/EBPgamma
1.1.3.0.4 C/EBPdelta
1.1.3.0.5 C/EBPepsilon
1.1.3.0.6 CHOP-10
1.1.3.0.7 slbo
1.1.3.0.8 AcC/EBP
1.1.4 Family: bZIP / PAR
1.1.4.0.1 DBP
1.1.4.0.2 VBP
1.1.4.0.3 Hlf
1.1.4.0.4 TEF
1.1.5 Family: Plant G-box binding factors
1.1.5.1 Subfamily: CPRF-2 ("V")
1.1.5.2 Subfamily: EmBP-1 ("E")
1.1.5.2.1 HBP-1a(1)
1.1.5.2.2 EmBP-1a
1.1.5.2.3 EmBP-1b
1.1.5.2.4 GBF1
1.1.5.2.5 GBF2
1.1.5.2.6 GBF3
1.1.5.2.7 CPRF-1
1.1.5.2.8 TAF-1
1.1.5.3 Subfamily: HBP-1a ("Q")
1.1.5.3.1 HBP-1a
1.1.5.3.2 HBP-1a(c14)
1.1.5.3.3 GBF9
1.1.5.3.4 GBF1
1.1.5.3.5 GBF4
1.1.5.3.6 GBF12
1.1.5.3.7 CPRF-3
1.1.5.4 Subfamily: TGA1a ("L/M")
1.1.5.4.1 TGA1a
1.1.5.4.2 HBP-1b/OBF3.1
1.1.5.4.3 HBP-1b(c1)
1.1.5.4.5 OBF3.2
1.1.5.4.6 OBF4
1.1.5.4.7 OBF5
1.1.5.5 Subfamily: TGA1b ("R")
1.1.5.5.1 TGA1b
1.1.5.5.2 O2
1.1.6 Family: ZIP only
1.1.6.0.1 SWI6
1.1.6.0.2 SWI4
1.1.6.0.3 STE4
1.1.6.0.4 IREBF-1
1.1.6.0.5 GCF
1.1.0 Family: Other bZIP factors
1.1.0.0.1 Giant
1.1.0.0.2 OPI1
1.2 Class: Helix-loop-helix factors (bHLH).
1.2.1 Family: Ubiquitous (class A) factors
1.2.1.0.1 E2A
1.2.1.0.1.1 E12
1.2.1.0.1.2 E47
1.2.1.0.1.3 ITF-1
1.2.1.0.2 E2-2
1.2.1.0.2.1 ITF-2 / SEF2-1B
1.2.1.0.2.2 SEF2-1A
1.2.1.0.3 m3
1.2.1.0.4 HEB / SCBP
1.2.1.0.4.1 SCBPgamma
1.2.1.0.4.2 SCBPalpha
1.2.1.0.4.3 SCBPbeta
1.2.1.0.5 Daughterless
1.2.2 Family: Myogenic transcription factors
1.2.2.0.1 MyoD
1.2.2.0.2 Myogenin
1.2.2.0.3 Myf-5
1.2.2.0.4 MRF4
1.2.2.0.5 SUM-1
1.2.2.0.6 CeMyoD
1.2.2.0.7 Nau
1.2.2.0.8 Esc1
1.2.3 Family: Achaete-Scute
1.2.3.0.1 Lethal of Scute
1.2.3.0.2 Scute
1.2.3.0.3 Achaete
1.2.3.0.4 Asense
1.2.3.0.6 MASH-1
1.2.3.0.7 MASH-2
1.2.3.0.8 ASH-3a
1.2.3.0.9 ASH-3b
1.2.4 Family: Tal/Twist/Atonal/Hen
1.2.4.1 Subfamily: Lymphoid factors
1.2.4.1.1 Tal-1
1.2.4.1.1.1 p42Tal-1
1.2.4.1.1.2 p39Tal-1
1.2.4.1.1.3 p22Tal-1
1.2.4.1.1.4
1.2.4.1.1.5
1.2.4.1.1.6
1.2.4.1.1.7
1.2.4.1.1.8
1.2.4.1.1.9
1.2.4.1.2 Tal-2
1.2.4.1.3 Lyl-1
1.2.4.2 Subfamily: Mesodermal Twist-like factors
1.2.4.2.1 Twist
1.2.4.2.2 M-Twist
1.2.4.2.3 Dermo-1
1.2.4.2.4 bHLH-EC2
1.2.4.2.5 Th1
1.2.4.2.6 SGC1
1.2.4.3 Subfamily: HEN
1.2.4.4 Subfamily: Atonal
1.2.4.4.1 NeuroD / BETA2
1.2.4.4.2 LIN-32
1.2.4.4.3 Ato
1.2.4.4.4 MATH-1
1.2.4.4.5 MATH-2
1.2.4.5 Subfamily: Pancreatic factors
1.2.4.5.1 INSAF
1.2.4.5.2 BETA3
1.2.5 Family: Hairy
1.2.5.1 Subfamily: Hairy
1.2.5.1.1 Hairy
1.2.5.1.2 Deadpan
1.2.5.1.3 HES-1
1.2.5.1.4 HES-2
1.2.5.1.5 HES-3
1.2.5.1.6 HES-5
1.2.5.1.7 Stra13
1.2.5.2 Subfamily: Esp
1.2.5.2.1 E(spl)m5
1.2.5.2.2 E(spl)m7
1.2.5.2.3 E(spl)m8
1.2.5.3 Subfamily: Fungal regulators
1.2.5.3.1 PHO4
1.2.5.3.2 NUC-1
1.2.6 Family: Factors with PAS domain
1.2.6.0.1 AhR
1.2.6.0.3 Single-minded
1.2.7 Family: INO
1.2.7.0.1 INO2
1.2.7.0.2 INO4
1.2.8 Family: HLH domain only
1.2.8.0.1 Emc
1.2.8.0.2 Id1
1.2.8.0.2.1 Id1 (long form)
1.2.8.0.2.2 Id1 (short form)
1.2.8.0.3 Id2
1.2.8.0.4 Id3
1.2.8.0.5 Id4
1.2.8.0.6 Olf-1
1.2.8.0.6.1 Olf-1
1.2.8.0.6.2 EBF
1.2.0 Family: Other bHLH factors
1.2.0.0.1 Delilah
1.2.0.0.2 Lc
1.2.0.0.3 CBF1
1.3 Class: Helix-loop-helix / leucine zipper factors (bHLH-ZIP).
1.3.1 Family: Ubiquitous bHLH-ZIP factors
1.3.1.1 Subfamily: TFE3
1.3.1.1.1 TFE3
1.3.1.1.1.1 TFE3-L
1.3.1.1.1.2 TFE3-S
1.3.1.1.2 TFEB
1.3.1.1.3 TFEC
1.3.1.1.4 Mi
1.3.1.1.4.1 Mi (419 AA)
1.3.1.1.4.2 Mi (413 AA)
1.3.1.2 Subfamily: USF
1.3.1.2.1 SpF1
1.3.1.2.2 USF
1.3.1.2.3 USF2
1.3.1.2.3.1 USF2a
1.3.1.2.3.2 USF2b
1.3.1.2.3.3
1.3.1.3 Subfamily: SREBP
1.3.1.3.1 SREBP-1
1.3.1.3.1.1 SREBP-1a
1.3.1.3.1.2 SREBP-1b
1.3.1.3.1.3 SREBP-1c
1.3.1.3.2 SREBP-2
1.3.1.4 Subfamily: AP-4
1.3.2 Family: Cell-cycle controlling factors
1.3.2.1 Subfamily: Myc
1.3.2.1.1 c-Myc
1.3.2.1.1.1 c-Myc 2 (c, h, m)
1.3.2.1.1.2 c-Myc 1
1.3.2.1.1.3 p64c-Myc
1.3.2.1.2 N-Myc
1.3.2.1.3 L-Myc
1.3.2.1.3.1 L-Myc
1.3.2.1.3.2 L-Myc (206 AA)
1.3.2.1.4 L-Myc2
1.3.2.1.5 B-Myc
1.3.2.1.6 v-Myc
1.3.2.2 Subfamily: Mad/Max
1.3.2.2.1 Max
1.3.2.2.1.1 Max2
1.3.2.2.1.2 Max1
1.3.2.2.1.3 DeltaMax
1.3.2.2.2 Mad1
1.3.2.2.3 Mxi1
1.3.2.2.3.1 Mxi1
1.3.2.2.3.2 Mxi1-WR
1.3.2.2.4 Mad3
1.3.2.2.5 Mad4
1.4 Class: NF-1
1.4.1 Family: NF-1
1.4.1.0.1 NF-1A /mNF-1B
1.4.1.0.1.1 NF-1A1
1.4.1.0.1.2 NF-1A1.1
1.4.1.0.1.3 NF-1A2
1.4.1.0.1.4 NF-1A3
1.4.1.0.1.5 NF-1A4
1.4.1.0.1.6 NF-1A5
1.4.1.0.1.7 NF-1A6
1.4.1.0.2 NF-1B
1.4.1.0.2.1 NF-1B1
1.4.1.0.2.2 NF-1B2
1.4.1.0.2.3 NF-1B3
1.4.1.0.2.4 NF-1B4
1.4.1.0.3 NF-1C
1.4.1.0.3.1 NF-1C1 / CTF-1
1.4.1.0.3.2 NF-1C2 / CTF-2
1.4.1.0.3.3 CTF-3
1.4.1.0.3.4 CTF-4
1.4.1.0.3.5 CTF-5
1.4.1.0.3.6 CTF-6
1.4.1.0.3.7 CTF-7
1.4.1.0.3.8 NF-1C4
1.4.1.0.4 NF-1X
1.4.1.0.4.1 NF-1X1
1.4.1.0.4.2 NF-1X2
1.4.1.0.4.3 NF-1X3
1.5 Class: RF-X
1.5.1 Family: RF-X
1.5.1.0.1 RF-X1
1.5.1.0.2 RF-X2
1.5.1.0.3 RF-X3
1.5.1.0.4 RF-X5
1.6 Class: bHSH
1.6.1 Family: AP-2
1.6.1.0.1 AP-2alpha
1.6.1.0.1.1 AP-2alphaA / AP-2alpha1
1.6.1.0.1.2 AP-2alpha2
1.6.1.0.1.3 AP-2alpha3
1.6.1.0.1.4 AP-2alpha4
1.6.1.0.1.5 AP-2alphaB
1.6.1.0.2 AP-2beta
1.6.1.0.3 AP-2gamma
2 Superclass: Zinc-coordinating DNA-binding domains
2.1 Class: Cys4 zinc finger of nuclear receptor type.
2.1.1 Family: Steroid hormone receptors
2.1.1.1 Subfamily: Corticoid receptors
2.1.1.1.1 GR
2.1.1.1.1.1 GR a
2.1.1.1.1.2 GR b
2.1.1.1.2 MR
2.1.1.2 Subfamily: Progesterone receptor
2.1.1.2.1 PR
2.1.1.2.1.1 PR-B
2.1.1.2.1.2 PR-A
2.1.1.3 Subfamily: Androgen receptor
2.1.1.3.1 AR
2.1.1.3.1.1 AR-A
2.1.1.3.1.2 AR-B
2.1.1.4 Subfamily: Estrogen receptor
2.1.1.4.1 ER
2.1.1.4.1.1 ER (h) / ER-A
2.1.1.4.1.2 ER (482 AA) (h)
2.1.1.4.1.3 ER-B
2.1.2 Family: Thyroid hormone receptor-like factors
2.1.2.1 Subfamily: Retinoic acid receptors
2.1.2.1.1 RAR-alpha
2.1.2.1.1.1 RAR-alpha1
2.1.2.1.1.2 RAR-alpha2
2.1.2.1.2 RAR-beta
2.1.2.1.2.1 RAR-beta1
2.1.2.1.2.2 RAR-beta2
2.1.2.1.2.3 RAR-beta3
2.1.2.1.2.4 RAR-beta4
2.1.2.1.3 RAR-gamma
2.1.2.1.3.1 RAR-gamma1
2.1.2.1.3.2 RAR-gamma2
2.1.2.1.4 RAR-delta
2.1.2.2 Subfamily: Retinoid X receptors
2.1.2.2.1 RXR-alpha
2.1.2.2.2 RXR-beta
2.1.2.2.2.1 RXR-beta1
2.1.2.2.2.2 RXR-beta2
2.1.2.2.3 RXR-gamma
2.1.2.2.4 USP
2.1.2.3 Subfamily: Thyroid hormone receptors
2.1.2.3.1 T3R-alpha
2.1.2.3.1.1 T3R-alpha1
2.1.2.3.1.2 T3R-alpha2
2.1.2.3.2 T3R-beta
2.1.2.3.2.1 T3R-beta1
2.1.2.3.2.2 T3R-beta2
2.1.2.3.3 Rev-ErbAalpha
2.1.2.3.3.1 Rev-ErbAalpha (long)
2.1.2.3.3.2 Rev-ErbAalpha (short)
2.1.2.4 Subfamily: Vitamin D receptor
2.1.2.5 Subfamily: NGFI-B
2.1.2.6 Subfamily: FTZ-F1
2.1.2.6.1 SF-1
2.1.2.6.1.1 FTZ-F1-like
2.1.2.6.1.2 ELP
2.1.2.6.2 FTZ-F1
2.1.2.6.2.1 alpha FTZ-F1
2.1.2.6.2.2 beta FTZ-F1
2.1.2.7 Subfamily: PPAR
2.1.2.7.3 PPARalpha
2.1.2.7.4 PPARbeta
2.1.2.7.5 PPARgamma
2.1.2.7.5.1 PPARgamma2
2.1.2.7.5.2 PPARgamma1
2.1.2.8 Subfamily: EcR
2.1.2.8.1 EcR
2.1.2.8.1.1 EcR A
2.1.2.8.1.2 EcR B1
2.1.2.8.1.3 EcR B2
2.1.2.9 Subfamily: ROR
2.1.2.9.1 HR3
2.1.2.9.2 RORalpha / RZRalpha
2.1.2.9.2.1 RORalpha1
2.1.2.9.2.2 RORalpha2
2.1.2.9.2.3 RORalpha3
2.1.2.9.3 RZRbeta
2.1.2.9.4 RORgamma
2.1.2.10 Subfamily: Tll / COUP
2.1.2.10.1 Tailless
2.1.2.10.2 Tlx
2.1.2.10.3 TR2
2.1.2.10.3.1 TR2-11
2.1.2.10.3.2 TR2-5
2.1.2.10.3.3 TR2-9
2.1.2.10.3.4 TR2-7
2.1.2.10.4 TR4
2.1.2.10.5 COUP-TFI
2.1.2.10.6 ARP-1 / COUP-TFII
2.1.2.11 Subfamily: HNF-4
2.1.2.11.1 HNF-4alpha
2.1.2.11.1.1 HNF-4alpha1
2.1.2.11.1.2 HNF-4alpha2
2.1.2.11.1.3 HNF-4alpha3
2.1.2.11.1.4 HNF-4alpha4
2.1.2.11.1.5 HNF-4alpha5
2.1.2.11.1.6 HNF-4alpha6
2.1.2.11.1.7 HNF-4alpha7
2.1.2.11.2 HNF-4beta
2.1.2.11.3 HNF-4gamma
2.1.2.12 Subfamily: CF1
2.1.2.13 Subfamily: Knirps
2.2 Class: diverse Cys4 zinc fingers.
2.2.1 Family: GATA-Factors
2.2.1.1 Subfamily: vertebral GATA-Factors
2.2.1.1.1 GATA-1
2.2.1.1.1.1 GATA-1
2.2.1.1.1.2 GATA-1s
2.2.1.1.2 GATA-2
2.2.1.1.3 GATA-3
2.2.1.1.4 GATA-4
2.2.1.2 Subfamily: fungal metabolic regulators
2.2.1.2.1 AREA / NIT-2
2.2.1.2.2 GLN3
2.2.1.2.3 UGA 43
2.2.1.2.4 NTL 1
2.2.2 Family: Trithorax
2.2.2.0.1 Ttx
2.2.2.0.2 Hrx
2.2.0 Family: Other factors
2.3 Class: Cys2His2 zinc finger domain.
2.3.1 Family: Ubiquitous factors
2.3.1.0.1 TFIIIA
2.3.1.0.2 Sp1
2.3.1.0.3 Sp3
2.3.1.0.4 Sp4
2.3.1.0.5 YY1
2.3.2 Family: Developmental / cell cycle regulators
2.3.2.1 Subfamily: Egr/Krox
2.3.2.1.1 SWI5
2.3.2.1.2 Egr-1
2.3.2.1.3 Egr-2
2.3.2.1.4 Egr-3
2.3.2.2 Subfamily: Krueppel-like
2.3.2.2.1 Krueppel
2.3.2.2.2 Hunchback
2.3.2.2.3 Glass
2.3.2.2.4 Odd-skipped
2.3.2.2.5 Ovo
2.3.2.2.6 Snail
2.3.2.2.7 CF2
2.3.2.2.7.1 CF2-I
2.3.2.2.7.2 CF2-II
2.3.2.2.7.3 CF2-III
2.3.2.2.8 Evi-1
2.3.2.2.9 Ikaros
2.3.2.2.10 MZF-1
2.3.2.2.11 Sdc-1
2.3.2.2.12 NRSF
2.3.2.2.12.1 NRSF form 1
2.3.2.2.12.2 NRSF form 2
2.3.2.2.13 Gfi-1
2.3.2.3 Subfamily: GLI-like
2.3.2.3.1 GLI
2.3.2.3.2 GLI3
2.3.2.3.3 WT1
2.3.2.3.3.1 WT1 +KTS
2.3.2.3.3.2 WT1 -KTS
2.3.2.3.3.3 WT1 I
2.3.2.3.3.4 WT1 I -KTS
2.3.2.3.3.5 WT1-del2
2.3.2.3.3.6 WT1-del2 I
2.3.2.3.4 Tra-1
2.3.2.3.4.1 Tra-1 (long)
2.3.2.3.4.2 Tra-1 (short)
2.3.2.3.5 RME1
2.3.2.3.6 BrlA
2.3.2.0 Subfamily: Others
2.3.2.0.1 Teashirt
2.3.2.0.2 Tramtrack
2.3.2.0.2.1 Tramtrack 69K
2.3.2.0.2.2 Tramtrack 88K
2.3.2.0.3 RGM1
2.3.3 Family: Metabolic regulators in fungi
2.3.3.0.1 ACE2
2.3.3.0.2 ADR1
2.3.3.0.3 MIG1
2.3.3.0.4 CreA
2.3.3.0.5 MSN2
2.3.3.0.6 MSN4
2.3.4 Family: Large factors with NF-6B-like binding properties
2.3.4.0.1 HIV-EP1
2.3.4.0.2 HIV-EP2
2.3.4.0.3 MBP-2
2.3.4.0.4 KBP-1
2.3.4.0.5 alphaA-CRYBP1
2.3.4.0.6 AGIE-BP1
2.3.5 Family: Viral regulators
2.4 Class: Cys6 cysteine-zinc cluster.
2.4.1 Family: Metabolic regulators in fungi
2.4.1.0.1 ARG RII
2.4.1.0.2 CAT8
2.4.1.0.3 GAL4
2.4.1.0.4 HAP1
2.4.1.0.5 MAL63
2.4.1.0.6 LEU3
2.4.1.0.7 UGA3
2.4.1.0.8 qa-1F
2.4.1.0.9 UME6
2.4.1.0.10 AmdR
2.4.1.0.11 PUT3
2.5 Class: Zinc fingers of alternating composition
2.5.1 Family: Cx7Hx8Cx4C zinc fingers
2.5.2 Family: Cx2Hx4Hx4C zinc fingers
3 Superclass: Helix-turn-helix
3.1 Class: Homeo domain.
3.1.1 Family: Homeo domain only
3.1.1.1 Subfamily: AbdB
3.1.1.1.1 Abd-B
3.1.1.1.2 Ceh-11
3.1.1.1.3 HOXA9
3.1.1.1.3.1 GPK5 (G.p.)
3.1.1.1.3.2 GPK9 (G.p.)
3.1.1.1.4 HOXB9
3.1.1.1.5 HOXC9
3.1.1.1.6 HOXD9
3.1.1.1.7 HOXA10
3.1.1.1.7.1 PL1
3.1.1.1.7.2 PL2
3.1.1.1.8 HOXC10
3.1.1.1.9 HOXD10
3.1.1.1.10 HOXA11
3.1.1.1.11 HOXC11
3.1.1.1.12 HOXD11
3.1.1.1.13 HOXC12
3.1.1.1.14 HOXD12
3.1.1.1.15 HOXA13
3.1.1.1.16 HOXC13
3.1.1.1.17 HOXD13
3.1.1.2 Subfamily: Antp
3.1.1.2.1 abd-A
3.1.1.2.2 Antp
3.1.1.2.3 Ceh-15
3.1.1.2.4 Dfd
3.1.1.2.5 Flh
3.1.1.2.6 Ftz
3.1.1.2.7 HOXA2
3.1.1.2.8 HOXB2
3.1.1.2.9 HOXA3
3.1.1.2.10 HOXB3
3.1.1.2.10.1 (m)
3.1.1.2.10.2 (m)
3.1.1.2.11 HOXD3
3.1.1.2.12 HOXA4
3.1.1.2.13 HOXB4
3.1.1.2.14 HOXC4
3.1.1.2.15 HOXD4
3.1.1.2.16 HOXA5
3.1.1.2.17 HOXB5
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3.1.1.2.20 HOXB6
3.1.1.2.20.1
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3.1.1.2.21 HOXC6
3.1.1.2.22 HOXA7
3.1.1.2.22.1
3.1.1.2.22.2
3.1.1.2.23 HOXB7
3.1.1.2.24 HOXB8
3.1.1.2.25 HOXC8
3.1.1.2.26 HOXD8
3.1.1.2.27 IPF1
3.1.1.2.28 Mab-5
3.1.1.2.29 NK-1
3.1.1.2.30 Pb
3.1.1.2.30.1
3.1.1.2.30.2
3.1.1.2.30.3
3.1.1.2.30.4
3.1.1.2.31 Scr
3.1.1.2.32 Ubx
3.1.1.2.32.1
3.1.1.2.32.2
3.1.1.2.32.3
3.1.1.2.32.4
3.1.1.2.33 Zen-1
3.1.1.2.34 Zen-2
3.1.1.3 Subfamily: Cad
3.1.1.3.1 Cad
3.1.1.3.2 Cdx-1
3.1.1.3.3 Cdx-2
3.1.1.3.4 Cdx-3
3.1.1.4 Subfamily: Cut
3.1.1.4.1 CDP
3.1.1.4.2 Cut
3.1.1.5 Subfamily: Dll
3.1.1.5.1 Dll
3.1.1.5.2 Dlx-1
3.1.1.6 Subfamily: Ems
3.1.1.6.1 Ems
3.1.1.6.2 EMX1
3.1.1.6.3 EMX2
3.1.1.7 Subfamily: En
3.1.1.7.1 En
3.1.1.7.2 En-1
3.1.1.7.3 En-2
3.1.1.8 Subfamily: Eve
3.1.1.8.1 Eve
3.1.1.8.2 Evx-1
3.1.1.9 Subfamily: Prd
3.1.1.9.1 al
3.1.1.9.2 Alx3
3.1.1.9.3 Gsc
3.1.1.9.4 K-2
3.1.1.9.4.1 K-2a
3.1.1.9.4.2 K-2b
3.1.1.9.5 S8
3.1.1.9.6 Otd
3.1.1.9.7 Otx1
3.1.1.9.8 Otx2
3.1.1.9.9 Phox-2
3.1.1.9.10 Unc-4
3.1.1.10 Subfamily: HD-ZIP
3.1.1.10.1 HAT1
3.1.1.10.2 HAT2
3.1.1.10.3 HAT3
3.1.1.10.4 HAT4
3.1.1.10.5 HAT7
3.1.1.10.6 HAT9
3.1.1.10.7 HAT14
3.1.1.10.8 HAT22
3.1.1.10.9 Athb-1
3.1.1.10.10 Athb-2
3.1.1.10.11 Athb-3
3.1.1.10.12 Athb-4
3.1.1.11 Subfamily: H2.0
3.1.1.11.1 HB24
3.1.1.11.2 Hox11 / Hlx
3.1.1.12 Subfamily: HNF1
3.1.1.12.1 HNF-1
3.1.1.12.1.1 HNF-1A
3.1.1.12.1.2 HNF-1B
3.1.1.12.1.3 HNF-1C
3.1.1.12.2 vHNF-1
3.1.1.12.2.1 vHNF-1A
3.1.1.12.2.2 vHNF-1B
3.1.1.12.2.3 vHNF-1C
3.1.1.13 Subfamily: Lab
3.1.1.13.1 HOXA1
3.1.1.13.1.1 ERA-1-993
3.1.1.13.1.2 ERA-1-399
3.1.1.13.2 HOXB1
3.1.1.13.3 HOXD1
3.1.1.13.4 Lab
3.1.1.13.4.1 Lab (635 AA)
3.1.1.13.4.2 Lab (629 AA)
3.1.1.14 Subfamily: Msh
3.1.1.14.1 Msx-1
3.1.1.14.2 Msx-2
3.1.1.15 Subfamily: NK-2
3.1.1.15.1 NK-2
3.1.1.15.2 NK-3
3.1.1.15.3 NK-4
3.1.1.15.4 Nkx-2.2
3.1.1.15.5 Nkx-2.5
3.1.1.15.6 Nkx-6.1
3.1.1.15.7 Tinman
3.1.1.15.8 TTF-1
3.1.1.16 Subfamily: Bcd
3.1.1.17 Subfamily: XANF
3.1.1.18 Subfamily: PBC
3.1.1.18.1 Ceh-20
3.1.1.18.2 Exd
3.1.1.18.3 MATa1
3.1.1.18.4 Pbx1
3.1.1.18.4.1 Pbx1a
3.1.1.18.4.2 Pbx1b
3.1.1.18.5 Pbx2
3.1.1.18.6 Pbx3
3.1.1.18.6.1 Pbx3a
3.1.1.18.6.2 Pbx3b
3.1.1.0 Subfamily: not assigned
3.1.1.0.1 Gtx
3.1.1.0.2 KN1
3.1.1.0.3 Knox3
3.1.1.0.4 MATalpha1
3.1.1.0.5 MATalpha2
3.1.1.0.6 Pc
3.1.1.0.7 PHO2
3.1.1.0.8 Prh
3.1.1.0.9 Ro
3.1.1.0.10 Zeste
3.1.1.0.11 Zmhox1a
3.1.1.0.12 HAT24
3.1.1.0.13 Unc-30
3.1.1.0.14 HB9
3.1.1.0.15 BarH1
3.1.1.0.16 BarH2
3.1.1.0.17 Aalpha Y1
3.1.1.0.18 Aalpha Y2
3.1.1.0.19 Aalpha Y3
3.1.1.0.20 alpha2-1
3.1.1.0.21 beta2-1
3.1.1.0.22 d1-1
3.1.2 Family: POU domain factors
3.1.2.1 Subfamily: I
3.1.2.1.1 Pit-1
3.1.2.1.1.1 Pit-1a
3.1.2.1.1.2 Pit-1b
3.1.2.1.1.3 Pit-1c
3.1.2.2 Subfamily: II
3.1.2.2.1 Oct-1
3.1.2.2.1.1 Oct-1A
3.1.2.2.1.2 Oct-1B
3.1.2.2.1.3 Oct-1C
3.1.2.2.2 Oct-2
3.1.2.2.2.1 Oct-2.1
3.1.2.2.2.2 Oct-2.2/Oct-2A
3.1.2.2.2.3 Oct-2.3
3.1.2.2.2.4 Oct-2.4
3.1.2.2.2.5 Oct-2.5/Oct-2B
3.1.2.2.2.6 Oct-2.6
3.1.2.2.2.7 Oct-2.7
3.1.2.2.2.8 Oct-2.8
3.1.2.2.3 Oct-11
3.1.2.2.4 dOct-2
3.1.2.2.5 PDM-1
3.1.2.2.6 PDM-2
3.1.2.2.7 Nrl-16
3.1.2.2.8 Oct-1.5
3.1.2.2.9 Oct-1.13
3.1.2.2.10 Oct-1.17
3.1.2.2.11 Oct-1.32
3.1.2.3 Subfamily: III
3.1.2.3.1 POU-M1
3.1.2.3.2 N-Oct-3
3.1.2.3.2.1 N-Oct-3
3.1.2.3.2.2 N-Oct-5A
3.1.2.3.2.3 N-Oct-5B
3.1.2.3.3 Oct-6
3.1.2.3.4 Brn-4
3.1.2.3.5 Cf1a
3.1.2.3.6 Brn-1
3.1.2.3.7 Nrl-19
3.1.2.3.8 Nrl-20
3.1.2.3.9 XLPOU-1/Nrl-22
3.1.2.4 Subfamily: IV
3.1.2.4.1 Brn-3a
3.1.2.4.1.1 Brn-3a(l)
3.1.2.4.1.2 Brn-3a(s)
3.1.2.4.2 Brn-3b
3.1.2.4.3 Brn-3c
3.1.2.4.4 I-POU
3.1.2.4.4.1 I-POU
3.1.2.4.4.2 tI-POU
3.1.2.4.7 Unc-86
3.1.2.4.7.1 Unc-86
3.1.2.4.7.2 Unc-86 (429 aa)
3.1.2.5 Subfamily: V
3.1.2.5.1 Oct-3/4
3.1.2.5.1.1 Oct-5
3.1.2.5.1.2 Oct-3A
3.1.2.5.1.3 Oct-3B
3.1.2.5.2 Oct-3C ?
3.1.2.5.3 pou2
3.1.2.5.3.1 pou2
3.1.2.5.3.2 t-Pou2
3.1.2.5.4 Oct-25
3.1.2.5.5 Oct-60
3.1.2.5.6 Oct-91
3.1.2.6 Subfamily: VI
3.1.2.6.1 Brn-5
3.1.2.6.1.2 Brn-5 (c2)
3.1.2.6.1.3 Brn-5 (c1)
3.1.2.6.1.4 Brn-5 (c7)
3.1.2.6.2 TCFbeta1
3.1.2.6.3 pou[c]
3.1.2.0 Subfamily: other POU factors
3.1.2.0.1 CEH-18
3.1.2.0.2 Sprm-1
3.1.2.0.3 b1-1
3.1.3 Family: Homeo domain with LIM region
3.1.3.1 Subfamily: Homeo domain with LIM region
3.1.3.1.1 Lin-11
3.1.3.1.2 Isl-1
3.1.3.1.3 Lmx-1
3.1.3.1.4 Lim-1
3.1.3.1.5 Lim-3
3.1.3.1.5.1
3.1.3.1.5.2
3.1.3.1.5.3
3.1.3.1.6 LH-2
3.1.3.1.7 Ap
3.1.3.1.8 Mec-3
3.1.3.1.9 Isl-2
3.1.3.1.10 Lim-2
3.1.3.1.11 Lmx2
3.1.3.2 Subfamily: LIM-only transcription (co-)factors
3.1.3.2.1 MLP
3.1.3.2.2 DMLP1
3.1.4 Family: homeo domain plus zinc finger motifs
3.1.4.0.1 ATBF1
3.1.4.0.1.1 ATBF1-B
3.1.4.0.1.2 ATBF1-A
3.1.4.0.2 Zfh1
3.1.4.0.3 Zfh2
3.2 Class: Paired box.
3.2.1 Family: Paired plus homeo domain
3.2.1.0.1 Prd
3.2.1.0.2 Pax-3
3.2.1.0.3 Pax-6
3.2.1.0.3.1 Pax-6 / Pd-5
3.2.1.0.3.2 Pd-5a
3.2.1.0.4 Pax-7
3.2.1.0.5 Gsb
3.2.1.0.6 Gsbn
3.2.2 Family: Paired domain only
3.2.2.0.1 Pax-1
3.2.2.0.2 Pax-2
3.2.2.0.2.1 Pax-2a
3.2.2.0.2.2 Pax-2b
3.2.2.0.3 Pax-5
3.2.2.0.4 Pax-8
3.2.2.0.4.1 Pax-8a
3.2.2.0.4.2 Pax-8b
3.2.2.0.4.3 Pax-8c
3.2.2.0.4.4 Pax-8d
3.2.2.0.5 Poxn
3.3 Class: Fork head / winged helix.
3.3.1 Family: Developmental regulators
3.3.1.0.1 Fkh
3.3.1.0.2 Slp1
3.3.1.0.3 Slp2
3.3.1.0.4 lin-31
3.3.1.0.5 XFD-1
3.3.1.0.6 BF-1
3.3.1.0.7 v-Qin
3.3.1.0.8 c-Qin
3.3.1.0.9 Axial
3.3.1.0.10 Croc
3.3.1.0.11 Whn
3.3.2 Family: Tissue-specific regulators
3.3.2.0.1 HNF-3alpha
3.3.2.0.2 HNF-3beta
3.3.2.0.3 HNF-3gamma
3.3.2.0.4 HFH-4
3.3.2.0.5 SGF-1
3.3.3 Family: Cell-cycle controlling factors
3.3.3.1 Subfamily: E2F
3.3.3.1.1 E2F-1
3.3.3.1.2 E2F-2
3.3.3.1.3 E2F-3
3.3.3.1.4 E2F-4
3.3.3.1.5 E2F-5
3.3.3.1.6 dE2F
3.3.3.2 Subfamily: DP
3.3.3.2.1 DP-1
3.3.3.2.2 DP-2
3.3.3.2.3 DP-3
3.3.3.2.4 dDP
3.3.0 Family: Other regulators
3.3.0.0.1 ILF
3.3.0.0.2 FKHR
3.3.0.0.3 HTLF
3.3.0.0.4 QRF-1
3.3.0.0.5 HCM1
3.3.0.0.6 FD1
3.3.0.0.7 FD2
3.3.0.0.8 FD3
3.3.0.0.9 FD4
3.3.0.0.10 FD5
3.3.0.0.11 HFH-1
3.3.0.0.12 HFH-2
3.3.0.0.13 HFH-3
3.3.0.0.14 HFH-4
3.3.0.0.15 HFH-5
3.3.0.0.16 HFH-6
3.3.0.0.17 HFH-7
3.3.0.0.18 HFH-B2
3.3.0.0.19 HFH-B3
3.3.0.0.20 Fkh-1
3.3.0.0.21 Fkh-2
3.3.0.0.22 Fkh-3
3.3.0.0.23 Fkh-4
3.3.0.0.24 Fkh-5
3.3.0.0.25 Fkh-6
3.3.0.0.26 BF-2
3.4 Class: Heat shock factors
3.4.1 Family: HSF
3.4.1.0.1 HSF1
3.4.1.0.1.1 HSF1 (long)
3.4.1.0.1.2 HSF1 (short)
3.4.1.0.2 HSF2
3.4.1.0.3 HSF3
3.4.1.0.4 dHSF
3.4.1.0.5 HSF24
3.4.1.0.6 HSF30
3.4.1.0.7 HSF8
3.4.1.0.8 fungal HSF
3.5 Class: Tryptophan clusters.
3.5.1 Family: Myb
3.5.1.1 Subfamily: Myb-factors
3.5.1.1.1 c-Myb
3.5.1.1.2 A-Myb
3.5.1.1.2.1 A-Myb
3.5.1.1.2.2 A-Myb
3.5.1.1.3 B-Myb
3.5.1.1.4 v-Myb
3.5.1.1.5 GL1
3.5.1.1.6 MybSt1
3.5.1.1.7 P
3.5.1.1.7.1 P (long)
3.5.1.1.7.2 P (short)
3.5.1.1.8 C1
3.5.1.1.8.1 C1 (long)
3.5.1.1.8.2 C1 (short)
3.5.1.1.9 MYB.Ph2
3.5.1.1.10 MYB.Ph3
3.5.1.1.11 ATMYB1
3.5.1.1.12 ATMYB2
3.5.1.2 Subfamily: Myb-like factors
3.5.1.2.1 BAS1
3.5.1.2.2 REB1
3.5.1.2.3 FlbD
3.5.1.2.4 Adf-1
3.5.1.2.5 RAP1
3.5.2 Family: Ets-type
3.5.2.0.1 c-Ets-1
3.5.2.0.1.1 c-Ets-1 p54
3.5.2.0.1.2 c-Ets-1 p68
3.5.2.0.1.3 Ets-1 DeltaIV
3.5.2.0.1.4 Ets-1 DeltaVII
3.5.2.0.1.5 Ets-1 Delta IV/VII
3.5.2.0.2 Ets-2
3.5.2.0.3 v-Ets
3.5.2.0.4 PEA3
3.5.2.0.5 Elk-1
3.5.2.0.6 SAP-1
3.5.2.0.6.1 SAP-1a
3.5.2.0.6.2 SAP-1b
3.5.2.0.7 SAP-2
3.5.2.0.8 Erg-1
3.5.2.0.8.1 Erg-1
3.5.2.0.8.2 Erg-2
3.5.2.0.8.3 p38erg
3.5.2.0.8.4 p55erg
3.5.2.0.8.5 p49erg
3.5.2.0.9 Fli-1
3.5.2.0.9.1 Fli-1a
3.5.2.0.9.2 Fli-1b
3.5.2.0.10 PU.1
3.5.2.0.11 Spi-B
3.5.2.0.12 E4TF1-60 / GABP-alpha
3.5.2.0.13 Elf-1
3.5.2.0.14 Tel
3.5.2.0.15 E74
3.5.2.0.15.1 E74A
3.5.2.0.15.2 E74B
3.5.2.0.16 yan
3.5.2.0.17 Pnt
3.5.2.0.17.1 P1
3.5.2.0.17.2 P2
3.5.2.0.18 Elg
3.5.2.0.19 D-Ets-3
3.5.2.0.20 D-Ets-4
3.5.2.0.21 D-Ets-6
3.5.2.0.22 N-Ets-3
3.5.2.0.23 ER71
3.5.2.0.24 ER81
3.5.3 Family: Interferon-regulating factors
3.5.3.0.1 IRF-1
3.5.3.0.2 IRF-2
3.5.3.0.3 IRF-3
3.5.3.0.4 Pip
3.5.3.0.5 ICSBP
3.5.3.0.6 LSIRF-2
3.5.3.0.7 ISGF-3gamma
3.6 Class: TEA domain.
3.6.1 Family: TEA
3.6.1.0.1 TEF-1
3.6.1.0.2 Sd
3.6.1.0.3 TEC1
3.6.1.0.4 abaA
4 Superclass: beta-Scaffold Factors with Minor Groove Contacts
4.1 Class: RHR (Rel homology region).
4.1.1 Family: Rel/ankyrin
4.1.1.0.1 NF-kappaB1
4.1.1.0.1.1 p105
4.1.1.0.1.2 p50
4.1.1.0.2 NF-kappaB2
4.1.1.0.2.1 p100
4.1.1.0.2.2 p52
4.1.1.0.2.3 p49
4.1.1.0.3 RelA
4.1.1.0.3.1 p65
4.1.1.0.3.2 p65Delta
4.1.1.0.4 RelB
4.1.1.0.5 c-Rel
4.1.1.0.6 v-Rel (REV-T).
4.1.1.0.7 Dorsal
4.1.2 Family: ankyrin only
4.1.2.0.1 IkappaBalpha
4.1.2.0.2 IkappaBbeta
4.1.2.0.3 IkappaBgamma
4.1.2.0.3.1 IkappaBgamma
4.1.2.0.3.2 IkappaBgamma-1
4.1.2.0.3.3 IkappaBgamma-2
4.1.2.0.4 IkappaBR
4.1.2.0.5 Bcl-3
4.1.2.0.6 Cactus
4.1.3 Family: NF-AT
4.1.3.0.1 NF-ATc
4.1.3.0.2 NF-ATp
4.1.3.0.2.1
4.1.3.0.2.2
4.1.3.0.2.3
4.1.3.0.3 NF-ATx
4.1.3.0.4 NF-ATc3
4.2 Class: STAT
4.2.1 Family: STAT
4.2.1.0.1 STAT1
4.2.1.0.1.1 p91
4.2.1.0.1.2 p84
4.2.1.0.2 STAT2
4.2.1.0.3 STAT3
4.2.1.0.4 STAT4
4.2.1.0.5 STAT5A
4.2.1.0.6 STAT5B
4.2.1.0.7 STAT6
4.3 Class: p53
4.3.1 Family: p53
4.3.1.0.1 p53
4.3.1.0.1.1 p53
4.3.1.0.1.2 p53as
4.4 Class: MADS box.
4.4.1 Family: Regulators of differentiation
4.4.1.1 Subfamily: MEF-2
4.4.1.1.1 MEF-2A
4.4.1.1.1.1 MEF-2A
4.4.1.1.1.2 aMEF-2
4.4.1.1.1.3 RSRFC4
4.4.1.1.1.4 RSRFC9
4.4.1.1.2 MEF-2B
4.4.1.1.2.1 MEF-2B1
4.4.1.1.2.2 MEF-2B2
4.4.1.1.2.3 MEF-2B3
4.4.1.1.2.4 MEF-2B4
4.4.1.1.3 MEF-2C
4.4.1.1.3.1 MEF-2C
4.4.1.1.3.2 MEF-2C/ Delta8
4.4.1.1.3.3 MEF-2C/Delta32
4.4.1.1.3.4 MEF-2C/Delta8,Delta32
4.4.1.1.4 MEF-2D
4.4.1.1.4.1 MEF-2DAB
4.4.1.1.4.2 MEF-2DA'B
4.4.1.1.4.3 MEF-2D0B
4.4.1.1.4.4 MEF-2DA0
4.4.1.1.4.5 MEF-2DA'0
4.4.1.1.4.6 MEF-2D00
4.4.1.1.5 D-MEF2
4.4.1.2 Subfamily: homeotic genes
4.4.1.2.1 AG
4.4.1.2.2 AP1
4.4.1.2.3 DEF A/AP3/GP
4.4.1.2.4 GLO
4.4.1.2.5 NMH7
4.4.1.2.6 ZEM
4.4.1.2.6.1 ZEM1
4.4.1.2.6.2 ZEM2
4.4.1.2.6.3 ZEM3
4.4.1.2.6.4 ZEM4
4.4.1.2.6.5 ZEM5
4.4.1.2.7 PI
4.4.1.2.8 PMADS3
4.4.1.2.9 Fbp2
4.4.1.2.10 Fbp3
4.4.1.2.11 AGL1
4.4.1.2.12 AGL2
4.4.1.2.13 AGL3
4.4.1.2.14 AGL4
4.4.1.2.15 AGL5
4.4.1.2.16 AGL6
4.4.1.2.17 SQA
4.4.1.2.18 O-MADS
4.4.1.2.19 TAG1
4.4.1.2.20 TDR3
4.4.1.2.21 TDR4
4.4.1.2.22 TDR5
4.4.1.2.23 TDR6
4.4.1.2.24 NAG1
4.4.1.2.25 Tobmads1
4.4.1.2.26 MADS1
4.4.1.3 Subfamily: yeast regulators
4.4.1.3.1 MCM1
4.4.1.3.2 YBR182C
4.4.2 Family: Responders to external signals
4.4.2.0.1 SRF
4.4.2.0.2 RLM1
4.4.3 Family: Metabolic regulators
4.5 Class: beta-Barrel alpha-helix transcription factors
4.5.1 Family: E2
4.5.1.0.1 E2
4.5.1.0.2 EBNA-1
4.6 Class: TATA-binding proteins
4.7 Class: HMG.
4.7.1 Family: SOX
4.7.1.0.1 SRY
4.7.1.0.2 Sox-2
4.7.1.0.3 Sox-4
4.7.1.0.4 Sox-5
4.7.1.0.5 Sox-9
4.7.1.0.6 Sox-18
4.7.1.0.7 SOX-LZ
4.7.1.0.8 Sox-8
4.7.1.0.9 Sox-10
4.7.1.0.10 Sox-11
4.7.1.0.11 Sox-12
4.7.1.0.12 Sox-13
4.7.1.0.13 Sox-14
4.7.1.0.14 Sox-15
4.7.1.0.15 Sox-16
4.7.2 Family: TCF-1
4.7.2.0.1 TCF-1alpha
4.7.2.0.1.1 LEF-1L
4.7.2.0.1.2 LEF-1S
4.7.2.0.2 TCF-1
4.7.2.0.2.1 TCF-1A
4.7.2.0.2.2 TCF-1B
4.7.2.0.2.3 TCF-1C
4.7.2.0.2.4 TCF-1D
4.7.2.0.2.5 TCF-1E
4.7.2.0.2.6 TCF-1F
4.7.2.0.2.7 TCF-1G
4.7.2.0.2.8 TCF-1P
4.7.2.0.3 TCF-3
4.7.2.0.4 TCF-4
4.7.3 Family: HMG2-related
4.7.3.0.1 SSRP1
4.7.3.0.2 Dm-SSRP1
4.7.3.0.3 Ixr1
4.7.3.0.4 DSP1
4.7.4 Family: UBF
4.7.4.0.1 UBF
4.7.4.0.1.1 UBF1 / xUBF2
4.7.4.0.1.2 UBF2
4.7.4.0.2 xUBF1
4.7.5 Family: MATA
4.7.0 Family: Other HMG box factors
4.7.0.0.1 IRE-ABP
4.7.0.0.2 MNB1b
4.7.0.0.3 Rox1
4.8 Class: Heteromeric CCAAT factors
4.8.1 Family: Heteromeric CCAAT factors
4.8.1.0.1 CP1A
4.8.1.0.2 CP1B
4.8.1.0.2.1 CP1B
4.8.1.0.2.2 CP1B
4.8.1.0.2.3 CP1B
4.8.1.0.2.4 CP1B
4.8.1.0.3 CBF-C
4.9 Class: Grainyhead
4.9.1 Family: Grainyhead
4.9.1.0.1 CP2
4.9.1.0.2 LBP-1a
4.9.1.0.3 Grainyhead
4.10 Class: Cold-shock domain factors.
4.10.1 Family: csd
4.10.1.1 Subfamily: A (DbpA-like)
4.10.1.1.1 DbpA
4.10.1.1.1.1 DbpA
4.10.1.1.1.2 DbpAv
4.10.1.1.2 Ybx-3
4.10.1.1.3 RSV-EF-II
4.10.1.2 Subfamily: B (YB-1/DbpB-like)
4.10.1.2.1 YB-1 / DbpB / EFI
4.10.1.2.2 YB-3
4.10.1.3 Subfamily: C (FRG Y2-like)
4.11 Class: Runt.
4.11.1 Family: Runt
4.11.1.1 Subfamily: PEBP2alphaA
4.11.1.1.1 PEBP2alphaA/AML3
4.11.1.1.1.1 PEBP2alphaA/Osf-2
4.11.1.1.1.2 PEBP2alphaA/Til-1
4.11.1.1.1.3 PEBP2alphaA/Til-1(Y)
4.11.1.1.1.4 PEBP2alphaA/Til-1(U)
4.11.1.1.1.5 PEBP2alphaA1/AML-3
4.11.1.1.1.6 PEBP2alphaA2
4.11.1.2 Subfamily: PEBP2alphaB
4.11.1.2.1 PEBP2alphaB/AML1
4.11.1.2.1.1 PEBP2alphaB1/AML1b
4.11.1.2.1.2 PEBP2alphaB2
4.11.1.2.1.3 AML1a
4.11.1.2.1.4 AML1c
4.11.1.2.1.5 AML1DeltaN
4.11.1.2.2 Ch-runtB2
4.11.1.3 Subfamily: PEBP2alphaC
4.11.1.3.1 PEBP2alphaC1/AML2
4.11.1.4 Subfamily: Runt
4.11.1.5 Subfamily: Lozenge
0 Superclass: Other Transcription Factors
0.1 Class: Copper fist proteins
0.1.1 Family: Fungal regulators
0.1.1.0.1 ACE1/CUP2
0.1.1.0.2 AMT1
0.2 Class: HMGI(Y)
0.2.1 Family: HMGI(Y)
0.2.1.0.1 HMG I(Y)
0.2.1.0.1.1 HMG I
0.2.1.0.1.2 HMG Y
0.2.1.0.2 HMGI-C
0.2.1.0.3 cHMGI
0.3 Class: Pocket domain
0.3.1 Family: Rb
0.3.1.0.1 Rb
0.3.1.0.2 p107
0.3.2 Family: CBP
0.4 Class: E1A-like factors
0.4.1 Family: E1A
0.4.1.0.1 E1A
0.4.1.0.1.1 E1A 12S
0.4.1.0.1.2 E1A 13S
0.5 Class: AP2/EREBP-related factors
0.5.1 Family: AP2
0.5.1.0.1 AP2
0.5.1.0.2 ANT
0.5.1.0.3 Gl15
0.5.1.0.4 IDS1
0.5.2 Family: EREBP
0.5.2.0.1 ABI4
0.5.2.0.2 CBF1/DREB1B
0.5.2.0.3 DREB1A
0.5.2.0.4 DREB1C
0.5.2.0.5 DREB2A
0.5.2.0.6 DREB2B
0.5.2.0.7 EBP
0.5.2.0.8 EREBP-1
0.5.2.0.9 EREBP-2
0.5.2.0.10 EREBP-3
0.5.2.0.11 EREBP-4
0.5.2.0.12 ERF1
0.5.2.0.13 RAP2.5
0.5.2.0.14 TINY
0.5.3 Family: AP2/B3
0.5.3.0.1 RAV1
0.5.3.0.2 RAV2